Når der er kastet anker, eller man lader båden drive langt ude på søen, kan man fiske efter plankton. Det er godt at gøre det inden man tager bundprøver, ellers kommer der for meget mudder i prøven.

Planteplankton

Det net, man bruger til at fange planteplankton, har en maskestørrelse på kun 20 µm. Man lukker for hanen, og sørger for at have et lille glas parat til planktonprøven. Så trækker man nettet igennem vandet,  indtil der er farve i vandet nede i nettet. Nettet trækkes op, og man åbner for hanen, så prøven løber ned i glasset. Skyl nettet straks efter brug i søen med hanen åben.

Dyreplankton

Nettet til at fange dyreplankton har maskestørrelse 100 µm. Nettet trækkes gennem vandet, gerne opad fra en stor dybde. Så snart prøven kommer op, kan man se vandlopper hoppe, og dafnier svømme rundt i prøven som små prikker. Hvis man ser gule prikker, er det vandloppernes æg, som de har siddende på siderne af kroppen i poser. man kan blande de to planktonprøver, eller have dem seperat.